V roce 2007 podala advokátní kancelář Covingtoh & Burling LLP, zastupující zájmy sedmi španělských investorů - akcionářů Yukosu, žalobu proti Rusku na Stockholmský mezinárodní arbitrážní soud. Navrhovatelé požadovali od ruské vlády odškodnění s odkazem na skutečnost, že v důsledku jednání státních a soudních orgánů Ruské federace utrpěli finanční ztráty. A podle rusko-španělské dohody o vzájemné ochraně investic jsou ztráty způsobené investory v důsledku protiprávního jednání státu kompenzovány.
Podstatou soudního sporu bylo, že ruská strana záměrně zruinovala společnost YUKOS, což akcionářům společnosti způsobilo finanční škodu. Oprávněné osoby z Ruska, které se ve stockholmské arbitráži objevily jako obžalované, žalobu neuznaly, protože podle jejich názoru se vedení Yukosu po dlouhou dobu vyhýbalo placení daní v obzvláště velkém rozsahu a dopustilo se dalších porušení zákonů Ruské federace. To je přesně to, co způsobilo trestní řízení proti vedení společnosti YUKOS i její bankrot.
Stockholmský arbitrážní soud se však postavil na stranu žalobců a rozhodl, že Rusko by jim mělo vyplatit 2,7 milionu USD jako náhradu za vzniklé ztráty. Výše ztráty byla vypočtena na základě výše kapitalizace společnosti YUKOS v době jejího bankrotu. Rozhodnutí rozhodčího soudu zdůraznilo, že daňové pohledávky byly pouze záminkou k zabavení majetku Yukosu a skutečným účelem trestního stíhání vedení společnosti byla touha nevybírat daně legálně, ale vyvlastnit společnost. To znamená, že soud dospěl k závěru, že ruská strana úmyslně zruinovala společnost YUKOS, takže státní společnosti Rosněfť a Gazprom dostanou většinu jejích aktiv. Je třeba zdůraznit, že toto je již druhé rozhodnutí Stockholmského rozhodčího soudu, které nebylo na základě tvrzení akcionářů Yukosu ve prospěch Ruska.
Proč Rusko ztrácí takové nároky u mezinárodního rozhodčího soudu? Lze samozřejmě hovořit o masivní propagandistické kampani, v jejímž důsledku se bývalý šéf Yukosu M. Chodorkovskij objevil v očích západního veřejného mínění jako opozice, která trpěla za své politické a demokratické přesvědčení. Lze poukázat na velmi nepřátelský postoj vládnoucích kruhů Švédska k Rusku. Faktem však zůstává: na Západě se domnívají, že ruské úřady v aféře Yukos porušily vlastnické právo. A samotný pojem „vlastnictví“je tam posvátný.
Podobné rozhodnutí učinil i štrasburský soud pro lidská práva, který sice připustil, že pronásledování Yukosu a jeho vedení nebylo politicky motivováno, nicméně poukázal také na porušení vlastnických práv při přerozdělování majetku společnosti.
