Bývalý šéf banky v Moskvě Andrej Borodin a jeho bývalý zástupce Dmitrij Akulinin jsou podezřelí z podvodných transakcí s rozpočtem hlavního města ve výši 12, 76 miliard rublů, jakož i ze zpronevěry bankovních fondů ve výši více než 7 miliard rublů.
Problémy vůdců Moskevské banky začaly okamžitě poté, co nová vláda Moskvy prodala obecní podíl na kapitálu této instituce (46, 48%) státní bance VTB. O nějaký čas později signalizoval velký podíl pochybných půjček v portfoliu Bank of Moscow.
Koncem roku 2010 se o banku začaly zajímat vyšetřující orgány. V té době byl také sledován pochybný finanční tok. V roce 2009 obdržela finanční instituce z rozpočtu hlavního města 15 miliard rublů na zvýšení svého kapitálu. Poté banka v Moskvě vydala 13 miliard na společnost "Premier Estate", jejíž základní kapitál v den přijetí půjčky činil minimální povolený 10 tisíc rublů. Získanou půjčku zase utratila za nákup pozemků v západní části Moskvy od společnosti Inteko, kterou vlastnila manželka bývalého primátora Moskvy Eleny Baturiny. Podle odborníků byla zároveň částka transakce za nákup 58 hektarů půdy několikanásobně vyšší než skutečné tržní ceny.
Vyšetřovatelé se velmi dlouho snažili předvolat k výslechu samotnou Elenu Baturinu, která žije a podniká v Rakousku. Odmítla však přijít v obavě, že se po výslechu nevrátí. Teprve v červnu 2012 navštívila Moskvu poté, co jí byla pravidelným předvoláním poskytnuta záruka imunity. Po čtyři hodiny vydávala Elena Baturina vyšetřovatelům svědectví, poté se její status svědka v tomto případě nezměnil.
Pokud jde o Borodin a Akulinin, později vyšetřování odhalilo druhé schéma krádeže. V letech 2008–2010 tito vrcholoví manažeři zorganizovali převod přibližně 7,8 miliardy rublů z korespondenčního účtu Bank of Moscow na účty dvaceti jimi ovládaných společností registrovaných na Kypru. Předpokládá se, že podezřelí jsou v Anglii. Doma, kde byli zatčeni v nepřítomnosti a zapsáni na mezinárodní seznam hledaných, jim hrozí dlouhodobé uvěznění.
